现在有很多乡村旅游项目，在设置管理运营机制上往往存在以下几个问题：
    1）单一主体主导，其他利益相关者服从；
    2）主体之间利益分配机制不合理，积极性调动不起来；
    3）主体之间的权利和义务不明确。
    这三大问题处理不好使很多的乡村旅游科学治理或管理成为了空话。

    5、市场意识有待提升
    目前很多乡村旅游都是依靠行政手段在推动，忽视了市场构建和经营主体培育，最终成为难以持久运营的“空壳景区”。
    此外，很多乡村旅游经营者的市场营销意识不强。很多乡村旅游经营者文化程度不高，对城市居民的旅游心态把握不到位，不擅长运用最新的营销渠道和方式，缺乏对项目的精心包装、策划和推介，导致市场辐射能力弱，知名度和影响力有限。

    6、产业链断裂
    很多乡村旅游区发展乡村旅游往往还存在一个误区，就是把人吸引过来就好了，至于村落如何可持续发展，思考不深入，在发展乡村旅游的时候往往鄙弃了一些传统的农业产业，如畜牧业、养殖业、手工业、苗木产业等等。除非当地本身具有发展旅游十分得天独厚的自然和人文景观，否则对旅游产业过分乐观，盲目崇拜是不可取的，且单一的产业结构都是十分危险的。

    一般来说，每个乡村旅游点从事餐饮、住宿、土特产品的农户，不能超过总户数的40％，否则，将会形成产业链条中断。余下的60％农户可以从事养殖、种植、加工、手工艺品制作等工作，尤其是本地生态型餐饮原料的供应，一般一个农户需要8～10个供应户，产业链还可以以合同形式由本村延伸到周边从事乡村旅游的村寨。